光學顯微鏡對物體的細節進行觀察時，一般放大倍數較大，這種情況需要相對亮度較高的光源。從顏色上講，如果被觀察處與周圍顏色相近的時候，光源的顏色與被觀察物體的顏色相近或相同為佳，這樣可以看得清晰。
顯微鏡攝像頭是一種專門用于和顯微鏡結合來獲取顯微鏡成像圖像的光學儀器，其原理大致為：檢測樣品通過鏡頭生成的光學圖像投射到圖像傳感器表面上，然后轉為電信號，經過A/D轉換后變為數字圖像信號，再送到數字信號處理芯片(DSP)中加工處理，再通過USB接口傳輸到電腦中處理，通過顯示器直接觀察圖像，保存圖像數據等。
熒光顯微鏡用于研究化學物質在細胞中的吸收、運輸、分布和定位。被測物體產生熒光的方式有兩種:自發熒光，紫外線照射后直接發出熒光稱為二次熒光，被觀察物經熒光染料處理后，經紫外光照射后才能發出熒光。細胞中的一些物質，如葉綠素，受到紫外線照射后會產生自發熒光。其他物質雖然本身沒有熒光，但用熒光染料或熒光抗體染色后，可以發出二次熒光。
