顯微鏡攝像頭是一種專門用于和顯微鏡結合來獲取顯微鏡成像圖像的光學儀器，其原理大致為：檢測樣品通過鏡頭生成的光學圖像投射到圖像傳感器表面上，然后轉為電信號，經過A/D轉換后變為數字圖像信號，再送到數字信號處理芯片(DSP)中加工處理，再通過USB接口傳輸到電腦中處理，通過顯示器直接觀察圖像，保存圖像數據等。

顯微鏡相機的集成提供了符合人體工程學的工作環境，可以直接在屏幕上觀察樣品圖像。保護細胞免受不必要的光，捕捉微弱的熒光信號，為用戶實現多色成像。顯微鏡攝像頭的研發成功解決了廣大研究者的苦惱問題，通過顯微鏡攝像頭抓取到每次觀察的樣品圖像，這樣就能很好的保存D一手的原始數據，不僅可以作為實驗的數據進行對比，還能**的保存下來作為一份有價值的參考數據。

目前，顯微鏡攝像頭可應用領域在工業、農業、生物、醫療領域均有很重要的作用，主要用來配套生物顯微鏡、熒光顯微鏡、金相顯微鏡、偏光顯微鏡、體視顯微鏡、掃描設備、監控設備等儀器使用。

農業領域上，配合專業的光學設備用來使用；研究動植物、微生物、昆蟲等不同組織和微小器官的表面形態及內部結構，對于觀測大景深的物體需要景深擴展功能，較大的物體具有圖像拼接功能。
生物領域上，顯微鏡攝像頭可用來很好的對進行觀測和分析，用于弱光或熒光圖像的拍攝與分析，用于病理分析等對色彩要求高的領域。

顯微鏡攝像頭的選購、顯微鏡成像軟件的好壞往往會影響到整個系統的成像效果。因為在選擇顯微鏡成像軟件時，需要根據不同的領域，不同的使用環境，選擇合適的相機軟件來配合攝像頭的使用。