在某些實(shí)驗(yàn)過(guò)程可能不明原因的無(wú)法得出滿(mǎn)意結(jié)果，此時(shí)，一個(gè)很好的試驗(yàn)方法是用徠卡熒光顯微鏡檢查標(biāo)本，如果在徠卡熒光顯微鏡下肉眼可看到熒光，則在徠卡共聚焦系統(tǒng)，其熒光信號(hào)應(yīng)很亮。如果在徠卡共聚焦系統(tǒng)看不到圖像，一方面要檢查使用的熒光控針與儀器的激發(fā)波長(zhǎng)是否匹配，另一方面應(yīng)使用己知的測(cè)試樣本全部檢查共聚焦系統(tǒng)各部分。圖像的數(shù)字文件應(yīng)適當(dāng)編號(hào)，并為具體的實(shí)驗(yàn)者所專(zhuān)用。尤其是在進(jìn)行圖像命名時(shí)盡量少用姓氏作為文件名，這樣很容易混亂和重復(fù)。而且每幅圖像應(yīng)詳細(xì)記錄各種采集參數(shù)，包括激光功率、增益、背底水平、針孔直徑、zoom值和使用的物鏡。

在使用徠卡共聚焦顯微鏡實(shí)驗(yàn)本身的問(wèn)題常常是由試劑的降解引起的，應(yīng)進(jìn)行一系列的診斷測(cè)試。實(shí)驗(yàn)使用的試劑自己親自新鮮配制。抗體應(yīng)等分為小份后分別儲(chǔ)存。許多試劑可以重復(fù)使用，而且并不影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果，尤其對(duì)于昂貴的試劑和稀有的試劑更應(yīng)注意節(jié)約和盡量重復(fù)使用。

有時(shí) 實(shí)驗(yàn)失敗可能是由于抗體降解引起的。陳舊的標(biāo)本可造成背底熒光的增加，從標(biāo)記的第二抗體分離出來(lái)的熒光色素和彌散到組織中的熒光色素，可以引起熒光滲透。在盡可能的情況下，應(yīng)使用新鮮制備的標(biāo)本觀(guān)察。有時(shí)改變熒光控針的濃度和分布也對(duì)獲得理想的實(shí)驗(yàn)結(jié)果大有幫助。如熒光黃滲透到羅丹明通道，可將熒光團(tuán)調(diào)使羅丹明位于較強(qiáng)的通道，因?yàn)闊晒恻S的激發(fā)光譜有一個(gè)尾部位于羅丹明的激發(fā)波長(zhǎng)內(nèi)。